花蓮西寧寺的起源，據相關資料記載，要追溯自甲午戰爭之後日清簽訂馬關條約，台灣割讓給日本，但是台灣同胞不願屈服，紛紛組織民軍抗拒異族統治，各地抗日情況幾乎是經常上演。當時的臺灣總督府實施漸進主義的軍政統治，致使日方調派大量兵力，實施對抗日份子的掃蕩政策，演變成到處殺戮無辜的台人，民不聊生，社會動亂不安，反而使得多數馴良的人民，在家破人亡的恐懼之下，陸續投入抗日的行列。
第三任台灣總督乃木希典，官拜陸軍中將，是位典型的日本軍人，他認為守備隊如果寬容和招撫，反而引起漢人的輕視和反抗。因此不惜發動大規模軍事攻擊，堅決掃蕩各地的抗日義軍。他的掃蕩行動將漢人抗日份子逼逃深山，反而有將抗日運動擴及「蕃地」之危險，更值得憂慮的是一旦漢「蕃」聯合攜手抗日，將對日方帶來更嚴重的威脅。乃木因此基於國防和治安的觀點，提出「蕃地之踏查及交通」方針，他認為道路的開鑿和興建鐵路等交通建設是軍政要務，由「踏查」的實際勘察地理民情，能夠做成正確有又價值的基本資料供訂定蕃政措施及開發經濟之用，尤其重要的是正可趁此為興建四通八達的交通網而展開大規模的測量調查行動。
日本軍方組成的探險隊兵分六路展開，其中第二探險隊隊長深堀安一郎大尉一行十五人，於一八九七年一月十一日從台北出發，十五日抵達埔里社，經霧社，入中央山脈經花蓮港途中在二月八日失蹤，經埔里社守備隊多方調查，才獲悉深堀大尉等人在奇萊溪上游遭殺害。當時埔里社守備隊雖查出殺害深堀大尉一行的兇手是霧社地區的原住民，但剛好在東部的「太魯閣蕃」領域內發生抗日事件，日本軍方為顧慮在中部東西「蕃地」同時發生泰雅族聯合抗日情形，決定對霧社地區原住民採取安撫措施，而把深堀大尉遇害的帳算在「太魯閣蕃」身上，大事討伐「太魯閣蕃」，對泰雅族反而採取封鎖政策。
因為深堀安一郎在奇萊溪上游遭到霧社原住民殺害，後來日本人為了感念其英勇殉職，特別於木瓜溪畔建深堀神社以為紀念，並從日本迎請來不動明王像於神社內恭人膜拜。後來因颱風引發的山洪，使木瓜溪暴漲氾濫，神社被毀，後人便在殉職者之碑旁建一座小廟，重新奉祀不動明王像，這也就是西寧寺的由來。
但是有關西寧寺的由來，廟方又有另外一種說法。當時台九丙線（舊花東公路）還是花東唯一要道時，初音路段道路蜿蜒狹窄，附近有不知名人士在路旁石頭上奉祀一尊佛祖神像，以保佑來往人車平安。花蓮殷商陳桂枝及張文土經常往來此道，常會停車向佛祖敬拜祈求平安，因不忍見佛祖露暴風雨烈陽之下，乃各自出資並募款興建小廟供奉。
那麼原來供奉不動明王的小廟 (舊神社)，何時變成也供奉佛祖呢？民國三十四年日本戰敗，日本僑民依法須遣送回國，而部份日人唯恐遭台人報復，急於返國，許多神社也人去樓空。想必當時受託接管的台灣人，由日本僑民手中接管深堀神社後，將原主祀神不動明王，移駕到豐田碧蓮寺供奉 (昔日的豐田神社)，而將小廟 (舊神社) 正堂改為奉祀釋迦牟尼佛。於是有不忍見佛祖露暴風雨烈陽之下，請佛祖安厝於舊西寧寺中的說法。
支持這個說法的依據，是根據豐田碧蓮寺的記載，其不動明王原供奉於初音 (今吉安鄉干城村) 西寧寺附近，1946 年時，由葉欽富等 13 人將其請回豐田奉祀，從此成為碧蓮寺的特色之一，時間上剛好吻合。也足以解釋小廟 (舊神社) 何以原來奉祀不動明王，後來卻無緣無故改為奉祀釋迦牟尼佛，因為這在當時是不能說的秘密。
民國四十七年花蓮颱風，導致小廟 (舊神社) 傾毀，民國四十八年 (西元1959年) ，於是在原來小廟 (舊神社) 舊址改建為現在的舊西寧寺，仍是奉祀釋迦牟尼佛。後來到了民國八十五年 鄭公石松先生為感謝神明慈悲，護佑眾生平安，於事業有成後，號召當地信眾，募款擴建「西寧寺」，在原廟 (現供奉福德正神) 旁又新建現在的新西寧寺，，以達對神尊敬意，除了遷移舊西寧寺中的佛祖成為鎮寺主神之外，並且又請出曾暫時被供奉在日式舊宿舍中的不動明王 (原來供奉在長春祠附近寧安橋旁天王橋下的天王寺)，才會有現在西寧寺安厝後，同時供奉釋迦牟尼與不動明王，這兩尊在西寧寺廟中重要神靈的奇特歷史典故，鄭公石松先生之善舉，實功不可沒。
隨著鄭公石松先生的辭世，西寧寺逐漸乏人經營管理，鄭家後世子孫，不忍父親及鄉親當年一番心血所集資擴建的西寧寺逐漸荒廢，遂於民國一○○年委託「中華三清弘道學會」進駐管理，隨著「中華三清弘道學會」進駐，在地信眾逐漸回到廟裡來，參加活動與擔任義工，熱情的鄉親使西寧寺正逐漸發揮其在地信仰中心的功能，繼續為濟世助人及發揚道家、道教思想而努力！
